2017年9月7日，據中時電子報消息，臺灣地區“農委會”，“食安辦”，“衛福部”7日下午召開氟蟲腈事件專家會議，討論雞蛋，雞肉是否訂氟蟲腈殘留標準，最后決定2018年起先調查臺灣本土的芬普尼背景值，以及動物是否可能從飼料中攝入，2019年再決定是否訂標準。
“農委會”副主委陳吉仲則在會中提出，擬由“農委會”一手承擔農產品的食安問題，不再與“衛福部”分工。陳吉仲表示，現在農產品上市前由農委會管理，上市后則交由衛福部，以后“農委會”組改后成為“農業部”，將新增設立“安全司”，可以考慮針對農產品管理一條龍，不要再分成上市前或上市后，“衛福部”可以專心管理其他食品，“農委會”則管好農產及其加工品，避免造成困擾。
陳吉仲指出，不過人體風險的評估絕對還是“衛福部”職責，農產品管理一條龍的制度會讓管理上更有效，假如雞肉有問題，從畜牧場端到市場端，通通都由“農委會”負責，以后農產品有問題就是找農業部，再來跨部會之間可以討論此議題。
