農委會擬將雞蛋芬普尼殘留標準從5ppb上修至10ppb，但食藥署認為農委會未對10ppb的來源提出科學依據，應厘清環境中有多少芬普尼殘留可能污染到蛋雞場。對此，農委會表示，其實該有的資料都有，建議農委會跟食藥署的專家會議可聯合召開，避免各說各話。
臺灣并未訂定雞蛋芬普尼殘留標準，因此依規定是不得檢出，而機器檢驗最低值是5ppb，因此暫以5ppb為標準，由于臺灣93％飼料都來自進口，加上國外作物可使用合法芬普尼，導致進口飼料中可能也有芬普尼殘留，讓雞只吃下肚，對此，農委會擬將標準提高至10ppb，讓農民有標準可遵循。
不過衛福部食藥署的諮詢委員認為，雖然10ppb的數字對每人每日可攝食的容許量不會有太大問題，但農委會并未詳細給予芬普尼在環境中的背景值讓10ppb的標準失去科學依據，加上先前衛福部長陳時中也認為不該放寬，讓外界解讀衛福部打臉農委會。
農委會主委林聰賢表示，農委會雖然致力推動農藥減量，但很多環境背景都會有農藥殘留，現在檢測都很靈敏，只要一有化學反應，都會顯示在圖譜上，因此不得檢出的標準對農民相當不利，農方權責就是要保護生產者，在合理的殘留標準下讓農民做好品質管理，其實農委會也有田間試驗各種殘留狀況的資料可供食藥署做風險評估，未來希望農委會的專家會議和食藥署的專家會議可以一起開，讓資料彼此串接，不要各說各話。
林聰賢指出，臺灣高達93％的飼料都仰賴進口，一時難以找到替代，加上農民可能受到臨田污染，發生問題可能要一直打官司，實在不利。
立委張麗善表示，本次農委會對全臺1400多家蛋家場進行芬普檢測，最后不合格者有40幾家，占整體比例約3％，只因為3％不合格的蛋農，就要放寬標準，將產生劣幣驅逐良幣的情況，農委會應厘清芬普尼源頭究竟來自哪里，以及要如何監控，對協助農民和消費者提出解方。
