我國的食品標識制度是由《食品安全法》《食品標識管理規定》《農業轉基因生物安全管理條例》《農業轉基因生物標識管理辦法》等一系列相關法律、法規構成的法律體系，甚至《反不正當競爭法》中關于不正當商業宣傳的規定也對食品標識起到規范作用。
我國2017年新修訂的《反不正當競爭法》第八條規定：“經營者不得對其商品的性能、功能、質量、銷售狀況、用戶評價、曾獲榮譽等作虛假或者引人誤解的商業宣傳，欺騙、誤導消費者。”例如，如果某種食品根本不存在轉基因的可能性，或者說任何一個品牌的該種食品都不是轉基因產品，但是，某一家經營者在其產品上專門以“否定式”的商品標識方式標注出“非轉基因食品”，盡管標注的是客觀事實，但是因為所有的該類食品都不含轉基因成分，其特意進行的否定式標識還是會造成誤導消費者或者引人誤解的后果，從而可能構成《反不正當競爭法》禁止的不正當商業宣傳行為。
食品標識制度主要是為了保障消費者的知情權與選擇權，但這一制度還有待于進一步完善。例如，以轉基因食品標識為例，我國已經形成了一套頗為嚴格地按目錄、定性強制轉基因食品標識的制度。食品安全法第101條規定轉基因食品的安全管理除了要適用本法對于食品包裝和標識的一般規定外，還要遵守其他行政法規的特別規定，但制度制定的科學性仍有需要完善之處，如轉基因食品定義有待于進一步明確、標識的方式和內容仍不規范、《轉基因標識目錄》有待完善等。
食品標識制度也應關注消費者權益保護與經營者合法權益保護之間的平衡協調。例如，需要在我國構建的轉基因食品標識豁免制度，就是從社會整體利益出發對生產者言論自由權與消費者知情權之間的再次平衡，以便在保護消費者知情權的同時，也能兼顧到生產者的合法權益。從學理和我國社會經濟生活的實踐出發，我國轉基因食品標識的豁免范圍可以規定為：⑴轉基因成分含量低于標識閥值的轉基因食品；⑵使用轉基因疫苗的動物及其產品；⑶轉基因微生物為媒介制造的食品；⑷添加轉基因食品添加劑的食品等。
食品標識制度實施的有效性問題非常重要。法律的實施包括守法、執法以及司法，我國食品標識制度在守法、執法、司法領域還有待于進一步加強。例如，以執法工作為例，目前我國仍存在政出多門、多個部門執法，影響執法效率的問題。
