涉食品、藥品犯罪，首先違反了關于食品、藥品管理的行政法規，進而違反了刑法規范，具有行政違法和刑事違法雙重屬性。由于食品、藥品領域專業性較強，行為的行政違法性可由行政主管部門先行確認，也就是出具行政認定意見。行政認定在食品藥品犯罪案件辦理中具有獨特的地位和作用，其本質仍是行政權，在權力依據、價值取向等方面與司法判斷具有明顯區別。因此，行政認定并非刑事認定的前置和必經程序，也不能等同于刑事認定。
行政認定為刑事認定提供依據。行政認定，是指行政主管部門對刑事案件中的專業性問題出具的定性意見。在證據形式上，通常表現為函、復函、批復等，是依據行政法律規范，對構成要件要素的一種專業性確認。主要體現在三個方面：一是對存在違法行為的認定。如在保健食品中加入止痛西藥成分并宣稱能夠治療疾病，是否屬于生產、銷售假藥行為等。二是對違法物品的認定，如生產、銷售的是否屬于假藥等。三是對行政鑒定的進一步說明。對假藥、“有毒、有害食品”等要素的認定有時涉及技術指標問題，如食品中是否含有嚴重超出標準限量的農藥殘留、重金屬等。在相應機構出具行政鑒定意見的同時，行政機關需要對上述技術指標的行政規范含義作進一步解釋和說明。從證據屬性上看，行政認定是具有優勢證明力的公文書證。行政認定是行政主管部門依照行政職權和專業知識作出證明某一事實的書面材料，應歸于書證，具有較高的公信力，這種公信力在訴訟過程中可衍生為證明力上的優勢。因此，行政認定的證明力要高于普通證據，在實踐中采納率高。
行政認定不是刑事認定的前置程序。行政違法性是刑事違法性的前提，但行政認定不是刑事認定的前置程序。司法人員需要行政認定作為依據的主要原因，是由于某一領域專業知識不足。如果相關法律、行政法規中有明確規定、司法人員的知識儲備能夠理解且爭議不大的事項，就不需要行政主管部門專門作出認定。司法人員也可以在沒有行政認定的情況下，判斷行為的行政違法性。首先，司法機關對行政違法性和刑事違法性可以一并認定。比如，關于涉食品、藥品犯罪的法條規定多為空白罪狀，需要援引行政法規，才能正確認定犯罪的特征。因此，司法機關將行政違法性包含于刑事違法性一并判斷于法有據。其次，行政認定作為證據，需要司法機關的審查判斷。作為證明犯罪構成要素的一種公文書證，雖然證明力強于普通證據，但仍需要司法人員從形式和實質上進行審查判斷，決定采納與否，也可以對行政違法性作出實質評價。因此，并不需要在刑事認定之前，都前置行政認定程序。
行政認定與刑事認定的差別主要體現在違法性本質方面。由于行政權在本質上是一種管理權，具有效率優先的價值取向，而司法權是判斷權，堅持公平優先。刑事違法性與行政違法性的區別，不僅體現在“數額較大”“情節嚴重”等量的差別上，法益侵害的樣態不同，決定了兩者在違法性本質上具有差別。正如有學者指出，應盡量將實害行為和存在具體的法益侵害危險的行為規定為犯罪行為，而對那些僅違反行政規定，還沒有給法益帶來即將實現的具體危害的抽象的危險行為作為行政不法予以規定。懲治涉食品、藥品犯罪保護的法益是國家食品藥品的監管秩序和消費者的身體健康、生命安全。破壞食品藥品監管秩序的行為具有行政違法性，但只有上述行為可能危害到消費者的身體健康和生命安全時，才具有刑事處罰的必要。行政認定和刑事認定在食品藥品犯罪客觀違法性的判斷上存在差別，不能將行政認定等同于刑事認定，應結合刑法的規范目的對行政認定進行審查。
